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Ce troisième épisode se déroule en 750, et le joueur contrôle Septem, un chevalier dans un ordre franc sous le commandement de Pépin le Jeune. C'est un orphelin qui ne se souvient pas de ses parents, mais comme ses yeux ont des couleurs différentes (un bleu, un noir), il soupçonne l'un de ses parents d'être d'origine asiatique. Un jour, le commandant de Septem lui dit qu'il a appris d'un commerçant arabe que quelque part en Extrême-Orient, il y a un endroit qui abrite la clé de la victoire absolue, mettant fin à toutes les guerres du monde. En raison de son sang mêlé, Septem reçoit l'ordre de se rendre en Asie et de découvrir cette connaissance secrète.

Sword of Xuan Yuan III : Beyond Clouds and Mountains emmène le joueur à travers le monde du VIIIème siècle, de l'Europe au Moyen-Orient, et à travers les montagnes du Tian Shan jusqu'à la Chine, alors gouvernée par la dynastie Tang, jouissant d'une prospérité culturelle. Le système de jeu est similaire à celui introduit pour la première fois dans le deuxième jeu. Pendant les batailles, il est possible d'attaquer physiquement, de lancer des sorts magiques ou d'effectuer des actions spéciales qui épuisent la jauge d'endurance. Le joueur peut également mélanger des objets pour en produire de nouveaux et recruter des ennemis dans le groupe afin de les invoquer dans des batailles.

La nouveauté de cet épisode est un élément en temps réel dans les batailles au tour par tour, similaire au système ATB ("Active Time Battle") utilisé dans les jeux Final Fantasy : les ennemis agissent si le joueur n'est pas assez rapide pour exécuter une commande. Des personnages contrôlés par l'IA rejoindront parfois le groupe. Le jeu a des arrière-plans pré-rendus pour la plupart des emplacements ; les graphiques de bataille sont dessinés à la main, de style similaire aux peintures chinoises.